Variabilidad genética del pez Lutjanus guttatus (Perciformes: Lutjanidae) mediante el uso de microsatélites en Costa Rica / Genetic variability of the fish Lutjanus guttatus (Perciformes: Lutjanidae) using microsatellites in Costa Rica

Introducción: El pargo mancha es un pez marino de alto consumo e interés comercial en Costa Rica que está sometido a una fuerte presión pesquera, la cual puede afectar la diversidad genética y generar problemas por depresión endogámica. Objetivo: Evaluar el estado genético de la población de Lutjanus guttatus mediante el uso microsatélites. Métodos: Se recolectaron muestras entre el 2018 y 2019 y se estudiaron 44 individuos de cada una de las localidades del Golfo de Nicoya y Golfo Dulce. Se realizó la extracción de ADN y la amplificación de diez loci con microsatélites mediante PCR, para la determinación del genotipo, análisis de diversidad genética y estructura poblacional. Resultados: Los parámetros de diversidad indican un elevado polimorfismo asociado con un alto número de alelos obtenidos por locus, pero con bajos niveles de heterocigosidad observada en comparación con la esperada (Ho= 0.774 y 0.800 y He= 0.948 y 0.954 para Golfo de Nicoya y Golfo Dulce, respectivamente). No hay evidencia suficiente para decir que las dos poblaciones son distintas (FST= 0.00264, P > 0.05). La desviación del Equilibrio de Hardy-Weinberg indica la posible mezcla de organismos de origen distinto a los del medio silvestre. Conclusiones: L. guttatus tiene niveles altos de diversidad genética, no hay evidencia de diferenciación en subpoblaciones genéticas, lo que en manejo pesquerías se considera una sola población panmíctica. La posible mezcla de individuos de origen distinto al silvestre sugiere la presencia de organismos de un programa de repoblación o de cultivos comerciales en la región. El uso de marcadores genéticos se recomienda para el monitoreo, además, en programas de repoblación y evaluar su efecto.

Introduction: The spotted snapper is a high-consumption and commercially important marine fish in Costa Rica, subjected to heavy fishing pressures, which can affect genetic diversity and generate problems due to inbreeding depression. Objective: To evaluate the genetic status of the population of Lutjanus guttatus using microsatellites. Methods: Samples were collected between 2018 and 2019, and 44 individuals from each of the localities of the Gulf of Nicoya and the Gulf of Dulce were studied. DNA extraction and amplification of ten loci with microsatellites using PCR were performed, followed by genotyping, analysis of genetic diversity, and population structure. Results: Diversity parameters indicate a high polymorphism associated with a high number of alleles obtained per locus, but with low levels of observed heterozygosity compared to expected (Ho= 0.774 and 0.800, and He= 0.948 and 0.954 for the Gulf of Nicoya and Gulf of Dulce, respectively). There is not enough evidence to say that the two populations are distinct (FST= 0.00264, P > 0.05). Deviation from Hardy-Weinberg equilibrium was recorded, indicating possible mixing of organisms of different origin from the wild environment. Conclusions: L. guttatus presents high levels of genetic diversity, without evidence of differentiation in genetic subpopulations. For fisheries management purposes, they would be considered a single panmictic population. The possible mixing with wild individuals suggests the presence of organisms derived from a restocking or commercial cultivation program carried out in the region. The use of genetic markers is recommended to maintain monitoring, follow up on restocking programs and evaluate their effect.

Phenotypic intrapopulation variation in quinoa from the department of Boyacá, Colombia / Variación fenotípica intrapoblacional en quinua en el departamento de Boyacá, Colombia

ABSTRACT Quinoa (Chenopodium quinoa Wild.) is an Andean crop that originated from the Andes of South America, with great agronomic, industrial, pharmaceutical potential and also a great capacity to tolerate adverse environmental factors. In Colombia, more accurately in the Department of Nariño, Cauca, Cundinamarca and Boyacá. Shows great genetic variation, both molecular and morphological, which organization remains poorly documented. In Boyacá, there are few studies on the morphological characterization of cultivated materials, and there is no certified planting material, with farmers planting a mixture of materials. Qualitative and quantitative descriptors and principal component and cluster analyses were used to characterize the structure of the intra-population phenotypic variation in Blanca de Jericó quinoa materials grown in the Department of Boyacá. The principal component analysis explained more than 70 % of the observed variation, with the AP, LP, DP, LHS, and AHS characteristics being more variable. The cluster analysis showed grouping by characteristics, such as AP, panicle color, and the presence of pigmented axillae. Results show that the variance in morpho-phenological traits was concentrated at the intra-population, due to high variation at the inter-individual level. A more efficient selection process should be carried out to find materials or "pure" varieties with higher yields, resistance to biotic and abiotic factors, and adaptation to local conditions, which make quinoa an economically profitable crop in the Boyacá department.

RESUMEN La quinua (Chenopodium quinoa Wild.) es un cultivo andino, originario de los Andes Suramericanos, con gran potencial agronómico, industrial y farmacéutico y también con una gran capacidad para tolerar factores ambientales adversos. En Colombia, actualmente, se cultiva en los departamentos de Nariño, Cauca, Cundinamarca y Boyacá. Presenta una gran variación genética, tanto a nivel molecular como morfológica, la cual, ha sido poco documentada. En Boyacá son pocos los estudios de caracterización morfológica de materiales cultivados y no hay material de siembra certificado, por lo que los agricultores siembran una mezcla de materiales. Descriptores cualitativos y cuantitativos y un análisis de componentes principales y de agrupamiento fueron usados para caracterizar la estructura de la variación fenotípica intrapoblacional de los materiales de quinua Blanca Jericó, que son cultivados en el departamento de Boyacá. El análisis de componentes principales explicó más del 70 % de la variación observada, siendo las características más variables AP, LP, DP, LHS y AHS. El análisis clúster mostró un agrupamiento por características, tales como AP, color de la panícula y presencia de axilas pigmentadas. Los resultados mostraron que la variación en las características morfológicas estaba concentrada dentro de la población, debido a la alta variación, a nivel inter-individual. Se deben llevar a cabo procesos de selección más eficientes para encontrar materiales "puros" o variedades con más altos rendimientos, con resistencia a factores bióticos y abióticos y adaptados a las condiciones locales, para así hacer de la quinua un cultivo económicamente rentable para el departamento de Boyacá.

Population genetic structure of two herds of Aberdeen Angus cattle breed in Colombia / Estructura genética poblacional de dos hatos de ganado bovino Aberdeen Angus en Colombia / Estrutura genética da população de dois rebanhos da raça Aberdeen Angus na Colômbia

Abstract Background: Two biotypes of Aberdeen Angus cattle breed, known as Old Type and New Type, that differ in their origin and beef production are formally recognized. In Colombia, this breed has been commercialized for approximately 80 years. Studies on the origin, kinship and levels of genetic diversity of this breed in Colombian herds are scarce, yet important for planning crossing and management strategies. Objective: To measure the genetic diversity and structure of two Colombian herds of Old Type and New Type biotypes of Aberdeen Angus from Huila and Cundinamarca provinces and assess mitochondrial introgression with other breeds. Methods: A set of ten microsatellites and sequences of the Mitochondrial Control Region were characterized. Estimators of genetic diversity and population differentiation along with tests of population assignment were applied. Results: Nuclear loci were highly polymorphic as shown by the Polymorphic Information Content (0.599) and the Probability of Identity (1.896 10-08). Both populations were highly diverse and clearly differentiated into two groups corresponding to the Old Type and New Type phenotypes. In contrast, mitochondrial data failed to distinguish these two groups and showed extensive admixture. Conclusions: This study optimized a set of ten highly polymorphic nuclear markers that may be used for parentage and population genetic studies of Aberdeen Angus. Genetic differentiation in these loci agreed with phenotypic differences of the Old and New Types. However, mitochondrial data indicated ancestry of multiple European breeds in the origin of Colombian Aberdeen Angus.

Resumen Antecedentes: Dentro de la raza Aberdeen Angus existen dos biotipos conocidos como Old Type y New Type, las cuales difieren en su origen y producción de carne. En Colombia, esta raza se ha venido comercializando desde hace aproximadamente 80 años. No obstante, aún no se han realizado estudios sobre su origen, parentesco y niveles de diversidad genética de esta raza en hatos colombianos, lo cual es importante para planear estrategias de cruce y manejo. Objetivo: Medir la diversidad y estructura genética de dos hatos colombianos de Aberdeen Angus Old Type y New Type de Huila y Cundinamarca y evaluar la introgresión mitocondrial con otras razas. Métodos: Se caracterizó un grupo de diez loci microsatélite y se secuenció la Región Control Mitocondrial. Se aplicaron estimadores de diversidad genética y diferenciación poblacional, junto con pruebas de asignación poblacional. Resultados: Los loci microsatélite fueron altamente polimórficos, tal como lo indicaron el Contenido de Información Polimórfica (0,599) y la Probabilidad de Identidad (1,896 10-08). Las poblaciones evaluadas de Aberdeen Angus en Colombia fueron altamente diversas y se diferenciaron claramente en dos grupos correspondientes a los fenotipos Old Type y New Type. En contraste, los datos mitocondriales no recobraron estos dos grupos y mostraron una amplia mezcla genética. Conclusiones: Este estudio optimizó un grupo de diez marcadores altamente polimórficos que pueden ser usados para estudios de parentesco y genética poblacional de Aberdeen Angus. La diferenciación genética en loci nucleares concordó con las diferencias fenotípicas entre Old y New Types, pero los datos mitocondriales indicaron ancestría de múltiples razas europeas en el origen del Aberdeen Angus colombiano.

Resumo Antecedentes: Dentro da raça Aberdeen Angus há dois biótipos conhecidos como Old Type e New Type, que diferem em sua origem e produção de carne. Na Colômbia, esta raça é comercializada há aproximadamente 80 anos. Entretanto, estudos sobre a origem, o parentesco e os níveis de diversidade genética desta raça em rebanhos colombianos ainda não foram realizados, o que é importante para o planejamento de cruzamentos e estratégias de manejo. Objetivo: Medir a diversidade genética e a estrutura de dois rebanhos colombianos de biótipos de Old Type e New Type de Aberdeen Angus de Huila e Cundinamarca e avaliar a introgressão mitocondrial com outras raças. Métodos: Um grupo de dez loci de microssatélites foi caracterizado e a Região de Controle Mitocondrial foi sequenciada. As estimativas de diversidade genética e diferenciação populacional foram aplicadas, juntamente com testes de designação populacional. Resultados: Os locus microssatélites foram altamente polimórficos, conforme indicado pelo Conteúdo de Infomação Polimórfica (0,599) e Probabilidade de Identidade (1,896 10-08). As populações avaliadas de Aberden Angus na Colômbia eram altamente diversificadas e claramente diferenciadas em dois grupos correspondentes aos fenótipos do Old Type e New Type. Em contraste, os dados mitocondriais não recuperaram esses dois grupos e mostraram um amplo mix genético. Conclusões: Este estudo otimizou um grupo de dez marcadores altamente polimórficos que podem ser usados para estudos genéticos de parentesco e população de Aberdeen Angus. A diferenciação genética nos loci nucleares concordou com as diferenças fenotípicas entre os Old e New Types, mas os dados mitocondriais indicam ancestralidade de várias raças européias na origem do Aberdeen Angus colombiano.

The spawning method affects the reproductive efficiency of piracanjuba fish (Brycon orbignyanus) in restocking programs / El método de desove afecta la eficiencia reproductiva de piracanjuba (Brycon orbignyanus) en programas de repoblación / O método de desova afeta a eficiência reprodutiva de piracanjuba (Brycon orbignyanus) em programas de repovoamento

Abstract Background: Preserving the genetic diversity of wild fish is an important consideration for restocking programs, as inbreeding can compromise progeny survival as well as impact the resilience of natural populations. Objective: To evaluate the influence of spawning method: semi-natural (SN) or strip-spawning (ST), and the number of breeders (1♀:3♂ and 2♀:6♂) on the reproductive efficiency and genetic diversity of B. orbignyanus progeny destined for restoration of wild stocks. Methods: Rates of fertilization, hatching and broodfish mortality were recorded. For genetic evaluations (allele frequency, observed and expected heterozygosity, Shannon index, inbreeding coefficient, molecular variance analysis, and genetic differentiation), breeders (n=24), and their progenies (90 larvae/treatment) were sampled and analyzed using eight microsatellite markers. Results: Higher fertilization and hatching rates, and lower broodfish mortality were observed for the SN method (p<0.05), whereas the number of breeders did not affect these parameters (p>0.05). Interaction between spawning method and number of breeders was not significant (p>0.05). The amplified microsatellite loci produced a total of 30 alleles, with sizes between 80 and 225 bp and their frequencies indicated an increase (p<0.05) of genetic diversity in the progenies, but low genetic differentiation between treatments (p>0.05). Conclusion: The spawning methods and number of breeders tested increased equally the genetic diversity of the progeny, with low genetic differentiation between treatments. In contrast, rates of fertilization, hatching and brood fish mortality revealed that the SN method resulted in the best reproductive efficiency due to the handling stress and injuries caused by ST. Thus, SN proves to be the most suitable spawning-method for B. orbignyanus in restocking programs.

Resumen Antecedentes: Mantener la diversidad genética de los peces salvajes es una consideración importante para los programas de repoblación, ya que la endogamia puede comprometer la supervivencia de la progenie y afectar la supervivencia de las poblaciones naturales. Objetivo: Evaluar la influencia del método de desove (seminatural - SN o en franjas - ST) y el número de reproductores (1♀:3♂ y 2♀:6♂) sobre la eficiencia reproductiva y la diversidad genética de progenies de B. orbignyanus destinados a la restauración de poblaciones silvestres. Métodos: Se monitorearon las tasas de fertilización, eclosión y mortalidad de reproductores. Para las evaluaciones genéticas (frecuencias alélicas, heterocigosidad observada y esperada, índice de Shannon, coeficiente de endogamia, análisis de varianza molecular y diferenciación genética) los reproductores (n=24) y su progenie (90 larvas/tratamiento) se muestrearon y analizaron utilizando ocho marcadores microsatélites. Resultados: La interacción entre el método de desove y el número de reproductores no fue significativa (p>0,05). Se obtuvieron mejores tasas de fecundación y eclosión (p<0,05), y una menor mortalidad de reproductores (p<0,05) con el método SN, mientras que el número de reproductores no tuvo efecto (p>0,05). Los loci de microsatélites amplificados produjeron un total de 30 alelos con tamaños entre 80 y 225 pb, y sus frecuencias indicaron un aumento (p<0,05) en la diversidad genética de las progenies, pero una baja diferenciación genética entre tratamientos (p>0,05). Conclusión: Los métodos de desove y el número de reproductores evaluados aumentaron de la misma manera la diversidad genética de las progenies, con baja diferenciación genética entre tratamientos. En contraste, las tasas de fecundación, eclosión y mortalidad de peces reproductores revelaron que el SN tuvo la mejor eficiencia reproductiva, un hecho relacionado con el estrés del manejo y las lesiones causadas por el ST. Por lo tanto, el SN demuestra ser el método de desove más adecuado para B. orbignyanus en los programas de repoblación.

Resumo Antecedentes: A manutenção da diversidade genética dos peixes selvagens é uma importante consideração para programas de repovoamento, já que a endogamia pode comprometer a sobrevivência da progênie, além de impactar na resiliência das populações naturais. Objetivo: Avaliar a influência do método de desova (semi-natural - SN ou por extrusão - ST) e número de reprodutores (1♀:3♂ e 2♀:6♂) na eficiência reprodutiva e na diversidade genética de progênie de B. orbignyanus destinados à recuperação de estoques selvagens. Métodos: Taxas de fertilização, eclosão e mortalidade de reprodutores foram monitorados. Para avaliações genéticas (frequências alélicas, heterozigosidade observada e esperada, índice de Shannon, coeficiente de endogamia, análise de variância molecular e diferenciação genética), reprodutores (n=24) e sua progênie (90 larvas/tratamento) foram amostrados e analisados utilizando oito marcadores microssatélites. Resultados: Interação entre método de desova e número de reprodutores não foi significante (p>0,05). Melhores taxas de fertilização e eclosão (p<0,05), e menor (p<0,05) mortalidade de reprodutores foram observados para o método SN, enquanto que o número de reprodutores não afetou esses parâmetros (p>0,05). Os loci microssatélites amplificados produziram um total de 30 alelos, com tamanhos entre 80 e 225 pb e suas frequências indicaram aumento (p<0,05) da diversidade genética nas progênies, mas baixa diferenciação genética entre os tratamentos (p>0,05). Conclusão: Os métodos de desova e números de reprodutores avaliados aumentaram igualmente a diversidade genética das progênies, com baixa diferenciação genética entre tratamentos. Em contraste, as taxas de fecundação, eclosão e mortalidade de reprodutores revelaram que SN obteve a melhor eficiência reprodutiva, fato relacionado com o estresse de manipulação e injurias causadas por ST. Por isso, SN se mostrou como o método de desova mais adequado para B. orbignyanus em programas de repovoamento.

Data mining of DNA sequences submitted by Peruvian institutions to public genetic databases / Minería de datos de secuencias de DNA enviadas a bases de datos genéticas públicas por instituciones peruanas

Abstract Genetic diversity is an important component of biodiversity, and it is crucial for current efforts to protect and sustainably manage several organisms and habitats. As far as we know, there is only one work describing Peruvian genetic information stored in public databases. We aimed to update this previous work searching in four public databases that stored digital sequence information: Nucleotide, BioProject, PATRIC, BOLD. With this information, we comment on the contribution of Peruvian institutions during recent years. In Nucleotide, the largest database, Bacteria are the most sequenced organisms by Peruvian institutions (70.60%), pathogenic bacteria such as Pasteurella multocida, Neisseria meningitidis, and Vibrio parahaemolyticus were the most abundant. We found no sequence records from the Archaea domain. In BioProject, the most common sequence belongs to Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis. In PATRIC, a database of pathogenic agents, Mycobacterium tuberculosis and Yersinia pestis had the highest number of entries. Finally, in BOLD, an exclusively Eukaryotic database, Chordata (Aves and Actinopterygii), Angiospermae, and Arthropoda (Insecta, and Arachnida) were the most frequent records. Our results would indicate research preferences of Peruvian institutions, focusing on infectious diseases and some Eukaryotic phyla. Although there has been a significant increase of DNA information submitted by Peruvian institutions since the last report, the genetic diversity reflected in these databases remains inconsistent with the diversity in the country. More efforts must be made to obtain genetic information from more underestimated taxonomic groups and to promote more genetic research in regional Peruvian institutions.

Resumen La diversidad genética es una componente importante de la biodiversidad y es crucial para los esfuerzos actuales de proteger y gestionar de manera sostenible varios organismos y hábitats. Hasta donde sabemos, solo hay un trabajo que describe la información genética peruana almacenada en bases de datos públicas. Nuestro objetivo fue actualizar este trabajo previo buscando en cuatro bases de datos públicas que almacenaban información de secuencias digitales: Nucleotide, BioProject, PATRIC, BOLD. Con esta información analizamos la contribución de las instituciones peruanas durante los últimos años. En Nucleotide, la base de datos más grande, las bacterias fueron los organismos más secuenciados por las instituciones peruanas (70.60%), las bacterias patógenas como Pasteurella multocida, Neisseria meningitidis y Vibrio parahaemolyticus fueron las más abundantes. No encontramos registros de secuencias del dominio Archaea. En BioProject, la secuencia más común pertenece a Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis. En PATRIC, una base de datos de agentes patógenos, Mycobacterium tuberculosis y Yersinia pestis tuvieron el mayor número de entradas. Finalmente, en BOLD, una base de datos exclusivamente eucariota, Chordata (Aves y Actinopterygii), Angiospermae y Arthropoda (Insecta y Arachnida) fueron los registros más frecuentes. Nuestros resultados indicarían las preferencias de investigación de las instituciones peruanas, centrándose en enfermedades infecciosas y algunos filos eucariotas. Aunque ha habido un aumento significativo de la información de ADN enviada por las instituciones peruanas desde el último informe, la diversidad genética reflejada en estas bases de datos sigue siendo inconsistente con la diversidad del país. Se deben realizar más esfuerzos para obtener información genética de grupos taxonómicos más subestimados y promover más investigación genética en las instituciones regionales peruanas.

Population genetics of three threatened catfish species in heterogeneous environments of the Cauca River, Colombia

Neotropical catfishes Ageneiosus pardalis, Pimelodus grosskopfii and Sorubim cuspicaudus are migratory fishes of commercial importance that exhibit decreasing populations due to overfishing and other anthropic interventions. This study used species-specific microsatellite loci to test the hypothesis that threatened fish populations show genetic vulnerability signs and are genetically structured in the middle and lower sections of the Cauca River. The studied species exhibit genetic diversity levels higher than the average values reported for Neotropical Siluriformes; however, they seem to have suffered recent bottlenecks and they present significant endogamy levels that are higher for the critically endangered catfish P. grosskopfii. Furthermore, both Ageneiosus pardalis and S. cuspicaudus are each formed by one genetic group, while Pimelodus grosskopfii comprises two coexisting genetic groups. The information obtained in this study is useful for the decision making in management plans that are appropriate for the sustainability of these three species populations within the proposal for the expansion of the hydroelectric development and other anthropic activities.(AU)

Los bagres Neotropicales Ageneiosus pardalis, Pimelodus grosskopfii y Sorubim cuspicaudus, son peces migratorios de importancia comercial cuyas poblaciones han disminuido debido a la sobrepesca y otras intervenciones antrópicas. En este trabajo, se utilizaron loci microsatélites especie-específicos para contrastar la hipótesis de que las poblaciones de peces amenazadas muestran señales de vulnerabilidad genética y están genéticamente estructuradas en los sectores medio y bajo del río Cauca. Las especies estudiadas exhiben niveles de diversidad genética superiores a los promedios reportados para Siluriformes Neotropicales; sin embargo, parecen haber sufrido cuellos de botella recientes y presentan niveles significativos de endogamia que son más altos para el bagre en peligro crítico, P. grosskopfii. Además, Ageneiosus pardalis y S. cuspicaudus están conformados cada uno por un solo grupo genético, mientras que Pimelodus grosskopfii comprende dos grupos genéticos que coexisten. La información obtenida en este estudio es útil para la toma de decisiones en planes de manejo que sean adecuados para la sostenibilidad de las poblaciones de estas tres especies de bagre dentro de las propuestas para la expansión de desarrollo hidroeléctrico y otras actividades antrópicas.(AU)

Development of microsatellite loci and population genetics of the catfish Pimelodus yuma (Siluriformes: Pimelodidae)

Pimelodus yuma (formerly Pimelodus blochii) is a freshwater fish, endemic to the Colombian Magdalena-Cauca and Caribbean basins that experiences habitat disturbances resulting from anthropogenic activities. Due to the lack of information about the population genetics of this species, this study developed 14 species-specific microsatellite loci to assess the genetic diversity and population structure of samples from the lower section of the Cauca River. The studied species showed genetic diversity levels higher than the average values reported for Neotropical Siluriformes and significant inbreeding levels as was described for some congeners. Furthermore, P. yuma comprises two coexisting genetic groups that exhibit gene flow along the lower section of the Cauca River. This information constitutes a baseline for future monitoring of the genetic diversity and population structure in an anthropic influenced sector of the Magdalena-Cauca basin.(AU)

Pimelodus yuma (anteriormente Pimelodus blochii) es un pez dulceacuícola endémico de las cuencas colombianas Magdalena-Cauca y Caribe que experimenta alteraciones del hábitat como resultado de actividades antropogénicas. Debido a la falta de información sobre la genética poblacional de esta especie, este estudio desarrolló 14 loci microsatélites especie-específicos para evaluar la diversidad genética y la estructura poblacional de muestras de la sección baja del río Cauca. La especie estudiada mostró niveles de diversidad genética más altos que los valores promedio reportados para Siluriformes neotropicales y niveles de endogamia significativos como se describió para algunos congéneres. Además, P. yuma comprende dos grupos genéticos coexistentes que exhiben flujo de genes a lo largo de la sección baja del río Cauca. Esta información constituye una línea base para futuros monitoreos de la diversidad genética y la estructura poblacional en un sector de influencia antrópica de la cuenca Magdalena-Cauca.(AU)

Development of microsatellite loci and population genetics in the bumblebee catfish species Pseudopimelodus atricaudus and Pseudopimelodus magnus (Siluriformes: Pseudopimelodidae)

The Neotropical freshwater catfish Pseudopimelodus atricaudus and Pseudopimelodus magnus are two recently discovered species endemic to the Colombian Magdalena-Cauca River basin. In this study, a set of 13 microsatellite loci were developed by using next generation sequence technology to assess the genetic diversity and population structure in P. atricaudus and test for cross-species amplification in P. magnus. Both species exhibited high genetic diversity (P. atricaudus: Na: 9.000 - 9.769 alleles/locus, Ho: 0.760 - 0.804, HE: 0.804 - 0.840; P. magnus: Na: 12.8 - 5.4 alleles/locus, Ho: 0.638 - 0.683, HE: 0.747 - 0.755) compared to the mean levels of genetic diversity reported for Neotropical Siluriformes, and lack of genetic differentiation among sampling sites within the Cauca River (P. atricaudus: F'ST=0.013 - 0.017, P > 0.05, D'est= -0.004 - 0.023, P > 0.05; P. magnus: F'ST= 0.031, P= 0.055; D'est= 0.045, P= 0.058). This work is the first insight on the diversity and the population genetics of species of the family Pseudopimelodidae and provides a framework to further population genetic and conservation analyses needed in this poorly studied family at the microevolutionary level.(AU)

Los bagres neotropicales Pseudopimelodus atricaudus y Pseudopimelodus magnus son dos especies recientemente descubiertas, endémicas de la cuenca Magdalena-Cauca en Colombia. En este estudio, se desarrollaron 13 loci microsatélites usando tecnología de secuenciación de próxima generación para evaluar la diversidad genética y la estructura poblacional de P. atricaudus y evaluar su amplificación cruzada en P. magnus. Ambas especies exhibieron altos valores de diversidad genética (P. atricaudus: Na: 9.000 - 9.769 alelos/locus, HO: 0.760 - 0.804, HE: 0.804 - 0.840; P. magnus: Na: 12.8 - 5.4 alelos/locus, HO: 0.638 - 0.683, HE: 0.747 - 0.755) comparados con los valores promedios de diversidad genética reportados para Siluriformes neotropicales, y ausencia de estructura genética entre los sitios analizados (P. atricaudus: F'ST= 0.013 - 0.017, P > 0.05, D'est= -0.004 - 0.023, P > 0.05; P. magnus: F'ST= 0.031, P= 0.055; D'est= 0.045, P= 0.058). Este trabajo representa la primera aproximación a la diversidad y genética poblacional de especies de la familia Pseudopimelodidae y proporciona un marco de referencia para futuros estudios genético-poblacionales y de conservación, requeridos en esta familia de bagres poco estudiada en el nivel microevolutivo.(AU)

Population genetics of the endangered catfish Pseudoplatystoma magdaleniatum (Siluriformes: Pimelodidae) based on species-specific microsatellite loci

The Neotropical catfish genus Pseudoplatystoma comprises eight species of large size, widely distributed in South American basins. The endangered species P. magdaleniatum is endemic to Magdalena basin (Colombia), experiences high fishing pressure and its population genetics is relatively unknown. To study the genetic status and structure of P. magdaleniatum, 25 species-specific polymorphic microsatellite loci were developed using next-generation sequencing and then tested in samples collected in the Magdalena-Cauca basin. Based on 15 of these loci, P. magdaleniatum showed a high number of alleles per locus (9-10), high values of observed (0.762-0.798) and expected (0.770-0.791) heterozygosities, recent reduction of population size and gene flow. These findings constitute a baseline to measure potential changes in genetic diversity and structure of this commercially important species in a basin undergoing high anthropogenic activities.(AU)

El género de bagres neotropicales Pseudoplatystoma comprende ocho especies de gran tamaño, ampliamente distribuidas en las cuencas de Suramérica. La especie en peligro de extinción P. magdaleniatum es endémica de la Cuenca del Magdalena (Colombia), experimenta una alta presión pesquera y su genética poblacional es relativamente desconocida. Para estudiar el estado y estructura genética de P. magdaleniatum, se desarrollaron 25 loci microsatélites polimórficos especie específicos utilizando secuenciación de próxima generación y se evaluaron en muestras recolectadas en la Cuenca del Magdalena-Cauca. Con base en 15 loci, P. magdaleniatum mostró un alto número de alelos por locus (9-10), valores altos de heterocigosidad observada (0.762-0.798) y esperada (0.770-0.791), reducción reciente del tamaño poblacional y flujo génico. Estos hallazgos constituyen una línea de base para medir cambios potenciales en la diversidad y estructura genética de esta especie comercialmente importante en una cuenca sometida a altas actividades antropogénicas.(AU)

Bioinformática como recurso educativo para enseñar variabilidad genética mediante la comparación de mapas de restricción / Bioinformatics as an educational resource for teaching genetic variability by comparing restriction maps

Uno de los rasgos de la sociedad del siglo XXI es la incorporación de las TIC en la educación, las cuales pueden contribuir en los procesos de enseñanza-aprendizaje. Sin embargo, el maestro es quien le dá el sentido pedagógico a estos recursos educativos. En ese sentido, las herramientas de la bioinformática pueden contribuir en la enseñan-za de temas complejos y abstractos con ejemplos concretos y sin necesidad de realizar prácticas de laboratorio que representen elevados costos económicos. Considerando lo anterior, en esta investigación se presenta el diseño de la guía "Análisis de la variabilidad genética en especies de Pseudomonas mediante comparación de los mapas de restricción del gen ptsN", que utilizó dos sitios web gratuitos y que muestra paso a paso la manera de realizarla. La guía se aplicó a 30 estudiantes de la asignatura "biología molecular" del período 2018-1 de la licenciatura en biología de la UPN. Para la recolección de la información que permitió evaluar el aprendizaje y conocer la percepción de los estudiantes respecto de la pertinencia y viabilidad del recurso educativo se emplearon un cuestionario y una encuesta estructurada. Después de trabajar con la guía, los estudiantes mostraron un progreso signifi cativo en sus bagajes cognitivo, conceptual y procedimental, hecho que se evidencia en las respuestas obtenidas mediante los instrumentos diseña-dos. Tras la experiencia, los estudiantes consideraron que la guía era apropiada y viable para enseñar variabilidad genética. Adicionalmente, se hizo evidente que sí es posible diseñar actividades contextualizadas a bajo costo.

One of the features of the 21st century society is the incorporation of ICT in education, which can contribute to the teaching-learning processes. However, it is the teacher who gives the pedagogical meaning to these educational resources. In this sense, bioinformatics tools can contribute to the teaching of complex and abstract topics with concrete examples and without the need for laboratory practices that represent high economic costs. Considering the above, this research presents the design of the guide "Analysis of genetic variability in Pseudomonas species by comparison of restriction maps of the ptsN gene", which used two free websites and shows step by step how to perform it. The guide was applied to 30 students of the subject "molecular biology" of the period 2018-1 of the bachelor's degree in biology at UPN. A questionnaire and a structured survey were used to collect information to evaluate learning and to know the students' perception of the relevance and feasibility of the educational resource. After working with the guide, students showed signifi cant progress in their cognitive, conceptual and procedural baggage, as evidenced by the answers obtained through the designed instruments. After the experience, the students considered that the guide was appropriate and viable for teaching genetic variability. Additionally, it became evident that it is possible to design contextualized activities at low cost.

Population genetics of the fish Brycon henni (Characiformes: Bryconidae) using species-specific polymorphic microsatellite loci

Introduction: The freshwater fish Brycon henni (Characiformes: Bryconidae) is endemic to Colombia and currently considered as a "least concern" species according to the International Union for Conservation of Nature (IUCN). Objective: To develop microsatellite markers to examine population genetics in B. henni. Methods: Using a low-coverage sequencing genomic library, this study developed the first set of microsatellite loci to study the population genetics of this Neotropical species. These loci were used to evaluate the genetic diversity and structure of B. henni from three sites of the Magdalena-Cauca Basin (Colombia). Results: A set of 21 polymorphic microsatellite loci was highly informative and revealed that B. henni exhibits genetic diversity (5.143-5.619 alleles/locus, observed and expected heterozygosity = 0.461-0.645 and 0.604-0.662, respectively) and is evenly genetically structured between two tributaries of the Cauca River separated by only 30 km (F'ST = 0.093, Jost's DEST = 0.311, P < 0.001) a finding that indicates these may be reproductively isolated groups. Conclusions: We reported a set of 21 polymorphic microsatellite loci that allowed the detection of genetic structure at local and regional scales. This population genetic structure, concordant with that found in eight congeners, is relevant when determining the risk categorization of B. henni, as well as management, conservation, and restocking programs for this species.

Introducción: El pez de agua dulce Brycon henni (Characiformes: Bryconidae) es una especie endémica de Colombia que actualmente está catalogada como de "menor preocupación" por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN). Objetivo: Desarrollar marcadores microsatélites para estudiar la genética poblacional de Brycon henni. Métodos: Usando una biblioteca genómica de secuenciación de baja cobertura, este estudio desarrolló el primer grupo de loci microsatélites para el estudio de la genética poblacional de esta especie neotropical. Estos loci fueron usados para evaluar la diversidad genética y estructura de B. henni en tres sitios de la cuenca Magdalena-Cauca (Colombia). Resultados: Un grupo de 21 loci polimórficos tipo microsatélite fueron altamente informativos y revelaron que B. henni exhibe diversidad genética (5.143-5.619 alelos/locus, heterocigosidad observada y esperada = 0.461-0.645 y 0.604-0.662, respectivamente) y se encuentra genéticamente estructurado entre dos tributarios del río Cauca separados únicamente por 30 km (F'ST = 0.093, Jost's DEST = 0.311, P < 0.001), un resultado que indica que puede existir aislamiento reproductivo entre dichos grupos. Conclusiones: Reportamos un grupo de 21 loci polimórficos tipo microsatélite que permitieron la detección de la estructura genética a escala local y regional. Esta estructura genética poblacional, concordante con lo que se reporta para otros ocho congéneres, es relevante al determinar la categorización de riesgo de B. henni, así como los programas de manejo, conservación y repoblamiento para esta especie.

Diversidad genética de plasmodium falciparum / Genetic diversity of Plasmodium falciparum

La diversidad genética le confiere a Plasmodium falciparum la capacidad de evadir la respuesta inmune del hospedero y producir variantes resistentes a medicamentos y a vacunas. Diferentes autores han documentado la existencia de cepas o clones de P. falciparum, cuya diversidad genética se ha confirmado a través de distintos ensayos de PCR (reacción en cadena de la polimerasa). El objetivo fue describir la diversidad genética de P. falciparum. MÉTODOS: Para la revisión narrativa se hizo una búsqueda de literatura publicada, que incluyó libros y artículos científicos originales, verificando el tema, así como reportes técnicos. Los documentos se consultaron entre agosto y diciembre de 2019 a través del acceso en Internet y bibliotecas del Academic Search Complete del gestor de búsquedas Medline, Science Direct, Scopus, Redalyc y Psicodoc. RESULTADOS: Se identificaron secuencias polimórficas útiles como marcadores genéticos de las poblaciones de P. falciparum, con los genes de las proteínas de superficie del merozoíto 1 y 2 (MSP-1, MSP-2) y el gen de la proteína rica en glutamato (GLURP), que producen variantes resistentes a medicamentos y a vacunas. DISCUSIÓN: Los hallazgos en las diferentes regiones estudiadas permiten concluir que la diversidad genética, la multiplicidad de infección y la dinámica en el tiempo de las infecciones por P. falciparum se ven afectadas por el grado de endemicidad de la malaria en cada país.

Effects of shade on guinea grass genotypes Megathyrsus maximus (Poales: Poaceae)

Introduction: Light stress is an important factor limiting the biomass yield while combining forage production with crops or forestry. Guinea grass is a widely adapted perennial fodder grass. The species exhibits high degree of variation for morphology, adaptation and biomass yield. Objective: Since there is a need in identifying shade adapted forage grasses for the expanding area under agroforestry/silvipastures, the present investigation took the task of understanding how the morphologically distinct genotypes of guinea grass respond under different shaded intensities. Methods: In the present study, forty-four genotypes related with the shade response were studied in varying shading conditions (pure sunlight, 25, 50 and 75 % shade) created artificially. Results: Based on green and dry matter yields ranking, the genotype IG 01-98 performed the best followed by genotypes IG 01-92, IG 97-5, IG 97-6 and IG 01-89 in decreasing order. Particularly, IG 01-93 was identified as the best performing under 50 % shading conditions. On the other hand, most of the top ranking genotypes performed well both under open and up to 50 % of shade. Morphologically, these genotypes were taller and possessed longer and broader leaves. Under shaded conditions (over 50 %), leaf length and width showed an increasing trend compared to open conditions. Also, chlorophyll content increased with shading intensity. Conclusions: Most of the genotypes collected from the southern Indian humid tropical environment with early flowering nature were tolerant to shade. Differential genotypic response was observed for biomass yield and yield attributes under shade. The study established appreciable variability for shade tolerance among genotypes.

Introducción: El estrés leve es un factor importante que limita el rendimiento de la biomasa al tiempo que combina laproducción forrajera con los cultivos o la silvicultura. El zacate guinea es una planta de forraje perenne ampliamente adaptada. La especie presenta un alto grado de variación en su morfología, adaptación y rendimiento de biomasa. Objetivo: Como existe la necesidad de la identificación de pastos forrajeros adaptados a la sombra para el área de expansión bajo agroforestería /silvicultura, la presente investigación se realizó para entender cómo los genotipos morfológicamente distintos al zacate guinea responden a diferentes intensidades de sombra. Métodos: Se estudiaron 44 genotipos y su respuesta a los niveles de sombra: luz solar pura y 25, 50 y 75 % de sombra (creados artificialmente). Resultados: Basado en la clasificación de rendimientos demateria verde y seca, el genotipo IG 01-98 fue el mejor, seguido de los genotipos IG 01-92, IG 97-5, IG 97-6 e IG 01-89 en orden decreciente. Por su parte, el IG 01-93 fue identificado como el de mayor rendimiento bajo el 50 % de condición de sombra. La mayoría de los genotipos de primer nivel tuvieron un buen desempeño, tanto bajo sombra abierta como al 50 %. Morfológicamente, estos genotipos fueron más altos y poseían hojas más largas y más anchas. En condiciones de sombra, de más del 50 %, la longitud y ancho de la hoja mostraron una tendencia creciente en comparación con la condición abierta. El contenido de clorofila aumentó con la intensidad de la sombra. Conclusiones: La mayoría de los genotipos recolectados al sur de la India en un ambiente tropical húmedo y tienen una floración temprana, fueron tolerantes a la sombra. Se observó una respuesta genotípica diferencial para los atributos de rendimiento y rendimiento de biomasa bajo sombra. El estudio mostró la existencia de una variabilidad apreciable para la tolerancia a la sombra entre los genotipos.

Evaluation of the Romosinuano cattle population structure in Mexico using pedigree analysis / Evaluación de la estructura poblacional de bovinos Romosinuano en México mediante el análisis de pedigrí / Avaliação da estrutura populacional de bovinos Romosinuano no México usando análise de pedigree

Abstract Background: Romosinuano cattle breed in Mexico has endured isolation and it is necessary to characterize it in order to facilitate sustainable genetic management. Objective: To assess the evolution of the structure and genetic diversity of the Romosinuano breed in Mexico, through pedigree analysis. Methods: Pedigree data was obtained from Asociación Mexicana de Criadores de Ganado Romosinuano y Lechero Tropical (AMCROLET). The ENDOG program (4.8 version) was used to analyze two datasets, one that includes upgrading from F1 animals (UP) and the other with only straight-bred cattle (SP). For both datasets, three reference populations were defined: 1998-2003 (RP1), 2004-2009 (RP2), and 2010-2017 (RP3). The pedigree included 3,432 animals in UP and 1,518 in SP. Demographic parameters were: Generation interval (GI), equivalent number of generations (EG), pedigree completeness index (PCI), and gene flow among herds. Genetic parameters were: Inbreeding (F) and average relatedness (AR) coefficients, effective population size (Nec), effective number of founders and ancestors, and number of founder genome equivalents. Results: The GI varied from 6.10 to 6.54 for UP, and from 6.47 to 7.16 yr for SP. The EG of the UP and SP improved >63% from RP1 to RP3. The PCI increased over time. No nucleus or isolated herds were found. For RP3, F and AR reached 2.08 and 5.12% in the UP, and 2.55 and 5.94% in the SP. For RP3, Nec was 57 in the UP and 45 in the SP. Genetic diversity losses were attributed mainly (>66%) to genetic drift, except for RP3 in the SP (44%). Conclusions: A reduction of the genetic diversity has been occurring after the Romosinuano breed association was established in Mexico, and this is mainly due to random loss of genes.

Resumen Antecedentes: La raza bovina Romosinuano ha estado prácticamente aislada en México y requiere ser caracterizada para un manejo genético sostenible. Objetivo: Evaluar la evolución de la estructura y diversidad genética de la raza Romosinuano en México, mediante el análisis del pedigrí. Métodos: Los datos genealógicos provinieron de la Asociación Mexicana de Criadores de Ganado Romosinuano y Lechero Tropical (AMCROLET). Los análisis se realizaron con el programa ENDOG (versión 4.8) para dos bases de datos, una que incluyó animales en cruzamiento absorbente (UP) a partir de F1 y la otra con sólo animales puros (SP). Para ambas bases de datos se definieron tres poblaciones de referencia: 1998-2003 (RP1), 2004- 2009 (RP2), y 2010-2017 (RP3). El pedigrí incluyó 3.432 animales en la UP y 1.518 en la SP. Los parámetros demográficos fueron: intervalo generacional (GI), número de generaciones equivalentes (EG), índice de completitud del pedigrí (PCI), y flujo de genes entre hatos. Los parámetros genéticos fueron: coeficientes de consanguinidad (F) y de relación genética aditiva (AR), tamaño efectivo de la población (Nec), número efectivo de fundadores y ancestros, y número equivalente de genomas fundadores. Resultados: El GI varió de 6,10 a 6,54 para la UP, y de 6,47 a 7,16 años para la SP. El EG de la UP y la SP mejoró >63%, de RP1 a RP3. El PCI aumentó a través de los años, pero más para la SP que para la UP. No se encontraron hatos núcleo o aislados. Para RP3, F y AR alcanzaron 2,08 y 5,12% en la UP, y 2,55 y 5,94% en la SP. Para RP3, Nec fue 57 en la UP y 45 en la SP. Más de 66% de las pérdidas en diversidad genética se debieron a deriva genética, excepto para RP3 en la UP (44%). Conclusiones: una reducción de la diversidad genética ha estado ocurriendo después de que se formó la asociación de criadores de ganado Romosinuano en México, y es debida principalmente a pérdidas aleatorias de genes.

Resumo Antecedentes: A raça bovina Romosinuano tem estado praticamente isolada no México e precisa ser caracterizada para um manejo genético sustentável. Objetivo: Avaliar a evolução da estrutura e diversidade genética da raça Romosinuano no México, através da análise de pedigree. Métodos: Os dados genealógicos vieram da Asociación Mexicana de Criadores de Ganado Romosinuano y Lechero Tropical (AMCROLET). As análises foram feitas com o programa ENDOG (versão 4.8) para duas bases de dados, uma que incluiu animais em cruzamento absorvente (UP) a partir da F1 e a outra base de dados somente com animais puros (SP). Para ambas bases de dados foram definidas três populações de referência: 1998-2003 (RP1), 2004-2009 (RP2) e 2010-2017 (RP3). O pedigree incluiu 3.432 animais na UP e 1.518 na SP. Os parâmetros demográficos foram: intervalo entre gerações (GI), número de gerações equivalentes (EG), índice de completude do pedigree (PCI), e fluxo de genes entre rebanhos. Os parâmetros genéticos foram: coeficiente de consanguinidade (F) e da relação genética aditiva (AR), tamanho efetivo da população (Nec), número efetivo de fundadores e ancestrais, e número equivalente de genomas fundadores. Resultados: O GI variou de 6,10 a 6,54 para a UP, e de 6,47 a 7,16 anos para a SP. EG da UP e a SP melhorou >63%, de RP1 a RP3. O PCI aumentou ao longo dos anos, mas mais para a SP do que para o UP. Não se encontraram rebanhos núcleo ou isolados. Para RP3, F e AR alcançaram 2,08 e 5,12% na UP, e 2,55 e 5,94% na SP. Para RP3, Nec foi 57 na UP e 45 na SP. Mais de 66% das perdas em diversidade genética foram ocasionadas pela deriva genética, exceto para RP3 no UP (44%). Conclusões: Depois que a associação da raça Romosinuano foi estabelecida no México, tem ocorrido uma redução da diversidade genética, principalmente devido a perdas aleatórias de genes.

Genetic diversity of four broodstocks of tilapia (Oreochromis sp.) from Antioquia, Colombia / Diversidad genética de cuatro grupos de reproductores de tilapia (Oreochromis sp.) de Antioquia, Colombia / Diversidade genética de quatro estoques de reprodutores de tilápia (Oreochromis sp.) de Antioquia, Colombia

Abstract Background: Tilapia is the most farmed fish in Colombia. However, the genetic diversity and structure of broodstocks in the hatcheries of Antioquia province remains unknown. Objective: To analyze the genetic diversity and structure of one Nile and three red tilapia broodstocks in Antioquia, Colombia. Methods: Fish were genotyped using 24 microsatellite markers of 13 linkage groups in five multiple reactions. Genetic diversity metrics were estimated and null alleles were detected. Analysis of Molecular Variance and analysis of number of clusters were used to describe the relationship between broodstocks. Results: Two microsatellites could not be amplified, and 22 were polymorphic. Average number of alleles per locus ranged 5.77 to 7.91. Locus UNH211 had the most alleles (17), whereas OMO032 had the fewest (4). Except for GM234 and OMO032, the analyzed loci had at least one private allele per population. Average effective number of alleles (3.37-4.03) was always less than the number of observed alleles. Significant deviations from Hardy-Weinberg equilibrium with heterozygote deficiencies were registered. Nine markers showed evidence of null alleles. The expected heterozygosity (0.65 to 0.67 per broodstock) was significantly higher than the observed heterozygosity (0.601 to 0.649) in the four populations. The fixation index for all broodstocks (excluding null alleles) was 0.0766 (95% confidence interval, 0.05092 to 0.10289). According to the molecular variance analysis, the greatest variation was between individuals rather than between groups of broodstocks or individuals within broodstocks. The genetic distance between the Nile and red broodstocks ranged from 0.43 to 0.54. Conclusions: Overall, these findings provide baseline information about the genetic diversity and structure of tilapia broodstocks in Antioquia, Colombia, useful for the management of hatcheries.

Resumen Antecedentes: La tilapia es el pez más cultivado en Colombia; sin embargo, hay gran desconocimiento sobre la estructura genetica actual de los reproductores. Objetivo: Analizar la diversidad y estructura genética de los reproductores de tres granjas de tilapia roja y una de tilapia Nilótica en Antioquia, Colombia. Métodos: Se utilizaron 24 microsatélites de 13 grupos de ligamiento amplificados en cinco reacciones múltiples. Se calcularon diferentes medidas de diversidad y se detectaron alelos nulos. Se utilizó un análisis de varianza molecular y uno de número de grupos para describir las relaciones entre las granjas de reproductores. Resultados: Dos marcadores no fueron amplificados y los 22 restantes fueron polimórficos. El promedio de alelos por locus varió entre 5,77 y 7,91. El mayor número de alelos (17) se encontró en el locus UNH 211, mientras que el menor se observó en OMO032 (cuatro). Veinte loci presentaron por lo menos un alelo privado. El número de alelos efectivos promedio fue menor al número de alelos observado y estuvo entre 3,37 y 4,03. Se registraron desviaciones significativas en el equilibrio Hardy-Weinberg, en su mayoría con deficiencias de heterocigotos. Se encontraron evidencias de alelos nulos en nueve marcadores. La heterocigosidad observada estuvo entre 0,601 y 0,649. El índice de fijación fue de 0.0766 (intervalo de confianza de 95%, entre 0,05092 y 0,10289). Según el análisis de varianza molecular, la mayor fuente de variación se encontró entre individuos. El valor de la distancia de Nei entre los reproductores Nilóticos y rojos estuvo entre 0,43 y 0,54. Conclusión: Los resultados de la presente investigación proveen una línea base acerca de la diversidad y estructura genética de los reproductores de tilapia en Antioquia, Colombia, y son útiles para el manejo de granjas dedicadas a la reproducción de tilapia.

Resumo Antecedentes: A tilápia é o peixe mais cultivado na Colômbia. É importante examinar a diversidade genética de peixes reprodutores. Objetivo: Avaliar a diversidade e estrutura genética de três estoques de reprodutores de tilápias vermelhas e um de tilápia Nilótica em Antioquia, Colômbia. Métodos: Utilizaram-se 24 microssatélites de 13 grupos de ligação em cinco reações múltiplas. Métricas de diversidade genética foram estimadas e alelos nulos foram detectados. Análise da Variância Molecular e análise do número de clusters foram utilizados para descrever a relação entre os estoques. Resultados: Dois marcadores não foram amplificados e vinte e dois microssatélites analisados mostraram-se polimórficos. O número médio de alelos por locus variou entre 5,77 e 7,91. O Locus UNH211 apresentou o maior número de alelos (17), enquanto o OMO032 apresentou o menor número (4). Exceto GM234 e OMO032, os loci analisados mostrou um pelo menos um alelo privado por população. O número efetivo médio de alelos (3,37-4,03) foi sempre menor do que o número de alelos observados. Foram observados desvios significativos do equilíbrio Hardy-Weinberg e deficiência de heterozigotos. Nove loci mostraram evidências de alelos nulos. A heterozigosidade esperada (0,6504-0,6748 por população) foi significativamente maior do que a heterozigosidade observada (0,601-0,649). O índice de fixação foi de 0,0766 (intervalo de confiança de 95%, 0,05092-0,10289). De acordo com a análise da variância molecular, a maior variação foi entre indivíduos. Adistância genética entre o Nilo e os reprodutores vermelhos variou de 0,43 a 0,54. Conclusão: No geral, esses resultados fornecem informação básica sobre sobre diversidade e estrutura genética de reprodutores de tilápia em Antioquia, Colômbia, e são significativos para o manejo de plantéis de reprodutores.

Caracterización morfológica y molecular de Oxalis tuberosa Mol. en el departamento de Boyacá / Morphological and molecular characterization of Oxalis tuberosa Mol. in the department of Boyacá

RESUMEN Dentro de los tubérculos andinos de mayor importancia, después de la papa, se encuentra la ibia (Oxalis tuberosa Mol.) ya que constituye un alimento básico para las comunidades campesinas. Boyacá es uno de los departamentos de Colombia, en donde todavía existe la tradición de cultivar y consumir tubérculos como los cubios, ullucus y rubas o ibias, sin embargo están amenazados por la erosión genética. No existen estudios sobre estos recursos fitogenéticos en Boyacá, por lo cual el objetivo de esta investigación fue colectar y caracterizar morfológica y molecularmente materiales de ibias en este departamento. El análisis morfológico mostró que las características más discriminantes fueron: color de los tallos aéreos, pigmentación de las axilas, color del follaje, color de la flor, color del pedúnculo y pedicelo, color predominante de la superficie del tubérculo, color secundario de la superficie del tubérculo, color predominante y secundario de la pulpa, distribución del color secundario de la pulpa y forma de los tubérculos. El análisis de similitud diferenció a los materiales en dos grandes grupos, de acuerdo principalmente a características morfológicas como el color y hábito de floración. El valor de heterocigosidad promedio para la población total fue de 0.39 el cual se considera alto al compararse con otros estudios de diversidad genética en ibias. El análisis de varianza molecular y el Fst (coeficiente de diferenciación genética) muestran que existe una alta variabilidad genética entre los materiales de ibias evaluados la cual debe ser conservada y aprovechada dentro de futuros programas de mejoramiento.

ABSTRACT Among the most important Andean tubers, after potato, is the ibia (Oxalis tuberosa Mol.) because it is a staple food for peasant communities. Boyacá in one of the departments of Colombia, where there is still tradition to grow and consume tubers like cubios, ullucus and rubas or ibias; however, they are threatened by genetic erosion. There are no studies on these plant genetic resources in Boyacá, therefore the goal of this research was to collect and morphological and molecularly characterize ibias in this department. Morphological analysis showed that the most discriminate characteristic were color aerial stems, pigmentation armpits, foliage color, flower color, color peduncle and pedicel, predominant color of the tuber surface, secondary color of the surface tuber, dominant and secondary color of the pulp, distribution of secondary pulp color and shape of tubers. The similarity analysis discriminate the materials in two groups according mainly to morphological characteristics such as color and flowering habit. The value of average heterozygosity for the total population was 0.39, which is considered high when compared with other studies of genetic diversity in ibias. The analysis of molecular variance and Fst (coefficient of genetic differentiation) show that existed a high genetic variability among the ibias evaluated which it should be maintained and exploited in future breeding programs of Andean tubers.

Evaluación molecular del aguacate criollo (Persea americana Mill) en Nuevo León, México / Molecular evaluation of the wild avocado (Persea americana Mill) in Nuevo León, México

RESUMEN México es centro de origen del aguacate (Persea americana Mill), la mayoría de los miembros reconocidos del género Persea ocurren primariamente desde la parte central de México hasta Centroamérica. En este estudio se realizó la evaluación molecular de germoplasma de aguacate criollo del Estado de Nuevo León, México, utilizando la técnica del DNA Polimórfico Amplificado al Azar (RAPD's). Se colectaron 27 materiales de aguacate criollo en la región sur y 16 en la región norte de Nuevo León. El nivel de diversidad genética detectado fue del 84%, el cual se considera como alto. Se observaron fragmentos específicos o únicos tipo RAPD's, presentes en un solo individuo, este tipo de fragmentos son de particular interés ya que pueden estar ligados a un genotipo en particular y servir en el diagnóstico para diferenciar un genotipo o una región específica del genoma. Lo anterior es de particular interés para el aguacate criollo del Estado de Nuevo León, cuyo problema para su comercialización es la corta vida de anaquel que presenta, por lo tanto, encontrar gran variación genética como la detectada en este trabajo incrementa la posibilidad de generar nuevos materiales cuya vida de anaquel sea más prolongada, potenciando su valor comercial.

ABSTRACT México is the center of origin of the avocado (Persea americana Mill), most of the recognized members of the genus Persea occur primarily from the central part of México to Central América. In this study, the molecular evaluation of germplasm of wild avocado from the State of Nuevo León, México, was performed using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD's) technique. A total of 27 wild avocado materials were collected in the southern region and 16 in the northern region of Nuevo León. The level of gen et-ic diversity detected was 84%, which is considered high. Specific fragments or only RAPD's type, present in a single individual, were observed, this type of fragments are of particular interest since they can be linked to a particular genotype and serve in the diagnosis to differentiate a genotype or a specific region of the genome. The above is of particular interest for the creole avocado of the State of Nuevo León, whose problem for marketing is the short shelf life that presents, therefore, finding great genetic variation as detected in this work increases the possibility of generating new materials whose shelf life is longer, enhancing its commercial value.

GENETIC DIVERSITY IN A POPULATION OF CREOLE MAIZE (Zea mays L.) EVALUATED BY MICROSATELLITE MARKERS IN PUERTO LIBERTADOR, CORDOBA / DIVERSIDAD GENÉTICA EN UNA POBLACIÓN DE MAÍZ CRIOLLO (Zea mays L.) EVALUADA MEDIANTE MARCADORES MICROSATÉLITES EN PUERTO LIBERTADOR, CÓRDOBA

ABSTRACT Maize a plant of Mesoamerican origin, has evolved in different microenvironments, generating the great diversity of maize that exists in the world. In order to determine the genetic diversity of a population of Creole maize, twelve microsatellite markers were evaluated in 30 accessions, in Puerto Libertador, Córdoba. The DNA of each accession was extracted using the PROMEGA kit, the markers were amplified by the PCR technique and the amplicons were run on polyacrylamide gels, the gels were digitalized and the molecular sizes were determined by an exponential model. Results showed a total of 66 alleles and an average of alleles of 5.5, the expected heterozygosity was 0.655, the values of the polymorphic information content (PIC) ranged from 0.352 to 0.838, with an average of 0.592 and the Hardy-Weinberg equilibrium showed imbalance (p <0.05). This work revealed that the studied accessions of Creole maize showed a high degree of polymorphism, high genetic variability and microsatellite markers were the appropriate for the evaluation of genetic diversity. This information shows to be useful for the conservation and protection of the genetic diversity of the studied Creole Maize.

RESUMEN El maíz una planta de origen mesoamericano, se ha desarrollado en los más variados microambientes, lo que ha generado una gran diversidad de variedades alrededor del mundo. Con el objetivo de determinar la diversidad genética de una población de maíz criollo, se evaluaron doce marcadores microsatélite, en 30 accesiones, en Puerto Libertador, Córdoba. El ADN de cada accesión fue extraído, mediante el kit de PROMEGA; los marcadores se amplificaron, mediante la técnica de PCR y los amplicones, se corrieron en geles de poliacrilamida. Los geles fueron digitalizados y los tamaños moleculares se determinaron, mediante un modelo exponencial. Los resultados mostraron un total de 66 alelos y un promedio de alelos de 5,5; la heterocigosidad esperada fue 0,655. Los valores del contenido de información polimórfica (PIC) variaron de 0,352 a 0,838, con un promedio de 0,592 y la prueba de Hardy-Weinberg mostró desequilibrio (p<0,05). Este trabajo reveló que las accesiones de maíz criollo estudiadas mostraron alto grado de polimorfismo, alta variabilidad genética y los marcadores microsatélites resultaron los apropiados para la evaluación de la diversidad genética. Esta información muestra ser útil para la conservación de la diversidad genética del maíz criollo estudiado y su protección.

Diversidad genética de papas nativas ( Solanum spp.) del distrito de Vilcashuamán, Ayacucho- Perú, mediante AFLP / Genetic diversity of native potatoes ( Solanum spp.) from Vilcashuaman district, Ayacucho- Peru, using AFLP

En este presente trabajo, la diversidad genética de 30 morfotipos de papas nativas de Vilcashuamán (Ayacucho) fue evaluada mediante la técnica de polimorfismo de longitud de fragmentos amplificados (AFLP). La extracción de ADN se realizó con el método de CTAB modificado, usando hojas frescas de plantas de cuatro semanas de cultivo en invernadero. Partiendo de 200 mg de tejido vegetal se logró obtener entre 300 a 500 ng/μL de ADN de buena calidad. La digestión enzimática del ADN se realizó utilizando EcoRI y MseI, y se emplearon 12 combinaciones de primers, de las cuales se eligieron las dos combinaciones más polimórficas (E13 - M49 y E38 - M49). El análisis estadístico se realizó con el programa NTSYs 2.10 usando el coeficiente de Simple Matching logrando obtener valores de PIC (índice de contenido polimórfico) de 0.45 y 0.40 para las combinaciones E38 - M49 y E13 - M49, respectivamente. En total se lograron identificar 68 bandas claramente diferenciables, de las cuales el 55.8% fueron bandas polimórficas. El análisis de agrupamiento según el algoritmo UPGMA originó un dendograma con un índice de correlación cofenética de r= 0.7; a un coeficiente de similitud de 0.6; se establecieron ocho grupos genéticos y a un coeficiente de 1 no se encontraron morfotipos duplicados. Los resultados obtenidos demuestran el alto poder informativo del AFLP y la alta variabilidad de las papas nativas estudiadas.

In this article, using the Amplified Fragment Lenght Polymorphism (AFLP) technique, we evaluated the genetic diversity of 30 native potatoes morphotypes from Vilcashuaman, Ayacucho. DNA extraction was done with the modified CTAB method, using fresh leaves of greenhouse plants of two weeks age. From 200 mg of plant tissue, it was posible to obtain between 300 and 500 ng/μLof good quality DNA. The enzymatic digestion of the DNA was carried out using EcoRI and MseI, and 12 combinations of primers were used, from which the two most polymorphic combinations were chosen (E13 - M49 and E38 -M49). The statistical analysis was done with the NTSYs 2.10 program using the Simple Matching coefficient, obtaining values of PIC (polymorphic content index) of 0.45 and 0.40 for the combinations E38 - M49 and E13 - M49, respectively. In total, 68 clearly differentiable bands were identified, of which 55.8% were polymorphic bands. The cluster analysis according to the UPGMA algorithm originated a dendrogram with a cofenetic correlation index of r = 0.7; at a coefficient of similarity of 0.6, eight genetic groups were established and at a coefficient of 1, no duplicate morphotypes were found. The results obtained show the high informative power of the AFLP and the high variability of the native potatoes studied.

Morphological diversity of Morus spp. (Mulberry accessions) grown in Muzaffarabad, Azad Jammu & Kashmir, Pakistan / La diversidad morfológica de Morus spp. (accesiones de mora) cultivados en Muzaffarabad, Azad Jammu y Cachemira, Pakistán

Genetic diversity of thirty mulberry accessions was determined by using the eleven different phenotypic characters. The study was conducted in field areas of Azad Jammu and Kashmir. The main objective of this study was to find out the diversity in morphological characters of Mulberry accessions found in Azad Jammu and Kashmir and Pakistan. The results showed that there is a significant difference in quantitative parameters among the thirty accessions (p≤0.001). The cluster analysis showed that the data is divided into two main groups at near 80 dissimilarity level. This study suggests that the Morus germplasm is quite diverse.

Se determinó la diversidad genética de treinta accesiones de mora utilizando once caracteres fenotípicos diferentes. El estudio se realizó en áreas de campo de Azad Jammu y Cachemira. El objetivo principal de este estudio fue conocer la diversidad en los caracteres morfológicos de lss accesiones de mora encontrados en Azad Jammu, Cachemira y Pakistán. Los resultados mostraron que hay una diferencia significativa en los parámetros cuantitativos entre las treinta accesiones de mora (p≤0.001). El análisis de conglomerados mostró que los datos se dividen en dos grupos principales a un nivel de disimilitud cercano a 80. Este estudio sugiere que el germoplasma de Morus es muy diverso.